mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999987 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:56423968A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDH15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000395433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001142768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q96QU1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.55T>G cDNA.450T>G g.963735T>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S19A Score: 99 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs11004439
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | no abrogation of potential splice sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5799 / 5799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1933 / 1933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6194 / 6194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 396 / 396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 963735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56423968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCAGGGATCATCCTGGGCTCTCTCTTTGAAATCTGCTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCAGGGATCATCCTGGGCGCTCTCTTTGAAATCTGCTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTTCAGGGATCATCCTGGGCTCTCTCTTTGAAATCTGCTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTTCAGGGATCATCCTGGGCGCTCTCTTTGAAATCTGCTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MFRQFYLWTC LASGIILGSL FEICLGQYDD GTILVDNMLI KGTAGGPDPT IELSLKDNVD YWVLMDPVKQ MLFLNSTGRV LDRDPPMNIH SIVVQVQCIN KKVGTIIYHE VRIVVRDRND NSPTFKHESY YATVNELTPV GTTIFTGFSG DNGATDIDDG PNGQIEYVIQ YNPDDPTSND TFEIPLMLTG NIVLRKRLNY EDKTRYFVII QANDRAQNLN ERRTTTTTLT VDVLDGDDLG PMFLPCVLVP NTRDCRPLTY QAAIPELRTP EELNPIIVTP PIQAIDQDRN IQPPSDRPGI LYSILVGTPE DYPRFFHMHP RTAELSLLEP VNRDFHQKFD LVIKAEQDNG HPLPAFAGLH IEILDENNQS PYFTMPSYQG YILESAPVGA TISDSLNLTS PLRIVALDKD IEDTKDPELH LFLNDYTSVF TVTQTGITRY LTLLQPVDRE EQQTYTFSIT AFDGVQESEP VIVNIQVMDA NDNTPTFPEI SYDVYVYTDM RPGDSVIQLT AVDADEGSNG EITYEILVGA QGDFIINKTT GLITIAPGVE MIVGRTYALT VQAADNAPPA ERRNSICTVY IEVLPPNNQS PPRFPQLMYS LEISEAMRVG AVLLNLQATD REGDSITYAI ENGDPQRVFN LSETTGILTL GKALDRESTD RYILIITASD GRPDGTSTAT VNIVVTDVND NAPVFDPYLP RNLSVVEEEA NAFVGQVKAT DPDAGINGQV HYSLGNFNNL FRITSNGSIY TAVKLNREVR DYYELVVVAT DGAVHPRHST LTLAIKVLDI DDNSPVFTNS TYTVLVEENL PAGTTILQIE AKDVDLGANV SYRIRSPEVK HFFALHPFTG ELSLLRSLDY EAFPDQEASI TFLVEAFDIY GTMPPGIATV TVIVKDMNDY PPVFSKRIYK GMVAPDAVKG TPITTVYAED ADPPGLPASR VRYRVDDVQF PYPASIFEVE EDSGRVITRV NLNEEPTTIF KLVVVAFDDG EPVMSSSATV KILVLHPGEI PRFTQEEYRP PPVSELATKG TMVGVISAAA INQSIVYSIV SGNEEDTFGI NNITGVIYVN GPLDYETRTS YVLRVQADSL EVVLANLRVP SKSNTAKVYI EIQDENNHPP VFQKKFYIGG VSEDARMFTS VLRVKATDKD TGNYSVMAYR LIIPPIKEGK EGFVVETYTG LIKTAMLFHN MRRSYFKFQV IATDDYGKGL SGKADVLVSV VNQLDMQVIV SNVPPTLVEK KIEDLTEILD RYVQEQIPGA KVVVESIGAR RHGDAFSLED YTKCDLTVYA IDPQTNRAID RNELFKFLDG KLLDINKDFQ PYYGEGGRIL EIRTPEAVTS IKKRGESLGY TEGALLALAF IIILCCIPAI LVVLVSYRQR QAECTKTARI QAALPAAKPA VPAPAPVAAP PPPPPPPPGA HLYEELGDSS MHNLFLLYHF QQSRGNNSVS EDRKHQQVVM PFSSNTIEAH KSAHVDGSLK SNKLKSARKF TFLSDEDDLS AHNPLYKENI SQVSTNSDIS QRTDFVDPFS PKIQAKSKSL RGPREKIQRL WSQSVSLPRR LMRKVPNRPE IIDLQQWQGT RQKAENENTG ICTNKRGSSN PLLTTEEANL TEKEEIRQGE TLMIEGTEQL KSLSSDSSFC FPRPHFSFST LPTVSRTVEL KSEPNVISSP AECSLELSPS RPCVLHSSLS RRETPICMLP IETERNIFEN FAHPPNISPS ACPLPPPPPI SPPSPPPAPA PLAPPPDISP FSLFCPPPSP PSIPLPLPPP TFFPLSVSTS GPPTPPLLPP FPTPLPPPPP SIPCPPPPSA SFLSTECVCI TGVKCTTNLM PAEKIKSSMT QLSTTTVCKT DPQREPKGIL RHVKNLAELE KSVANMYSQI EKNYLRTNVS ELQTMCPSEV TNMEITSEQN KGSLNNIVEG TEKQSHSQST SL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MFRQFYLWTC LASGIILGAL FEICLGQYDD GTILVDNMLI KGTAGGPDPT IELSLKDNVD YWVLMDPVKQ MLFLNSTGRV LDRDPPMNIH SIVVQVQCIN KKVGTIIYHE VRIVVRDRND NSPTFKHESY YATVNELTPV GTTIFTGFSG DNGATDIDDG PNGQIEYVIQ YNPDDPTSND TFEIPLMLTG NIVLRKRLNY EDKTRYFVII QANDRAQNLN ERRTTTTTLT VDVLDGDDLG PMFLPCVLVP NTRDCRPLTY QAAIPELRTP EELNPIIVTP PIQAIDQDRN IQPPSDRPGI LYSILVGTPE DYPRFFHMHP RTAELSLLEP VNRDFHQKFD LVIKAEQDNG HPLPAFAGLH IEILDENNQS PYFTMPSYQG YILESAPVGA TISDSLNLTS PLRIVALDKD IEDTKDPELH LFLNDYTSVF TVTQTGITRY LTLLQPVDRE EQQTYTFSIT AFDGVQESEP VIVNIQVMDA NDNTPTFPEI SYDVYVYTDM RPGDSVIQLT AVDADEGSNG EITYEILVGA QGDFIINKTT GLITIAPGVE MIVGRTYALT VQAADNAPPA ERRNSICTVY IEVLPPNNQS PPRFPQLMYS LEISEAMRVG AVLLNLQATD REGDSITYAI ENGDPQRVFN LSETTGILTL GKALDRESTD RYILIITASD GRPDGTSTAT VNIVVTDVND NAPVFDPYLP RNLSVVEEEA NAFVGQVKAT DPDAGINGQV HYSLGNFNNL FRITSNGSIY TAVKLNREVR DYYELVVVAT DGAVHPRHST LTLAIKVLDI DDNSPVFTNS TYTVLVEENL PAGTTILQIE AKDVDLGANV SYRIRSPEVK HFFALHPFTG ELSLLRSLDY EAFPDQEASI TFLVEAFDIY GTMPPGIATV TVIVKDMNDY PPVFSKRIYK GMVAPDAVKG TPITTVYAED ADPPGLPASR VRYRVDDVQF PYPASIFEVE EDSGRVITRV NLNEEPTTIF KLVVVAFDDG EPVMSSSATV KILVLHPGEI PRFTQEEYRP PPVSELATKG TMVGVISAAA INQSIVYSIV SGNEEDTFGI NNITGVIYVN GPLDYETRTS YVLRVQADSL EVVLANLRVP SKSNTAKVYI EIQDENNHPP VFQKKFYIGG VSEDARMFTS VLRVKATDKD TGNYSVMAYR LIIPPIKEGK EGFVVETYTG LIKTAMLFHN MRRSYFKFQV IATDDYGKGL SGKADVLVSV VNQLDMQVIV SNVPPTLVEK KIEDLTEILD RYVQEQIPGA KVVVESIGAR RHGDAFSLED YTKCDLTVYA IDPQTNRAID RNELFKFLDG KLLDINKDFQ PYYGEGGRIL EIRTPEAVTS IKKRGESLGY TEGALLALAF IIILCCIPAI LVVLVSYRQR QAECTKTARI QAALPAAKPA VPAPAPVAAP PPPPPPPPGA HLYEELGDSS MHNLFLLYHF QQSRGNNSVS EDRKHQQVVM PFSSNTIEAH KSAHVDGSLK SNKLKSARKF TFLSDEDDLS AHNPLYKENI SQVSTNSDIS QRTDFVDPFS PKIQAKSKSL RGPREKIQRL WSQSVSLPRR LMRKVPNRPE IIDLQQWQGT RQKAENENTG ICTNKRGSSN PLLTTEEANL TEKEEIRQGE TLMIEGTEQL KSLSSDSSFC FPRPHFSFST LPTVSRTVEL KSEPNVISSP AECSLELSPS RPCVLHSSLS RRETPICMLP IETERNIFEN FAHPPNISPS ACPLPPPPPI SPPSPPPAPA PLAPPPDISP FSLFCPPPSP PSIPLPLPPP TFFPLSVSTS GPPTPPLLPP FPTPLPPPPP SIPCPPPPSA SFLSTECVCI TGVKCTTNLM PAEKIKSSMT QLSTTTVCKT DPQREPKGIL RHVKNLAELE KSVANMYSQI EKNYLRTNVS ELQTMCPSEV TNMEITSEQN KGSLNNIVEG TEKQSHSQST SL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.13 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||