mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 1.09187865938863e-11 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:3381369G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ZNF195 | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000438262 | ||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||
alteration region | 3'UTR | ||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | cDNA.876C>G g.19080C>G | ||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs62619253
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regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation H4K20me3, Histone, Histone 4 Lysine 20 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | splice site change occurs after stopcodon (at aa 239) splice site change occurs after stopcodon (at aa 240)
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distance from splice site | 143 | ||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | signal is predicted to be ok | ||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 155 / 155 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 450 | ||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 245 | ||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 273 | ||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 876 | ||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19080 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3381369 | ||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GTGCTCACACTTTACTGAACCTGAGAACATTGACACTGGAG | ||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GTGCTCACACTTTACTGAACGTGAGAACATTGACACTGGAG | ||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GTGCTCACACTTTACTGAACCTGAGAACATTGACACTGGAG | ||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GTGCTCACACTTTACTGAACGTGAGAACATTGACACTGGAG | ||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAGAQTLLTF RDVAIEFSLE EWKCLDLAQQ NLYRDVMLEN YRNLFSVGLT VCKPGLITCL EQRKEPWNVK RQEAADGHPG IFFVVTMEII * | ||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.10 s | ||||||||||||||||||||||||||